Tromsø Havn har havneområder på Prostneset i sentrum av Tromsø, i Breivika, tre kilometer nord for Tromsø sentrum og på Grøtsund, 14 kilometer nord for Tromsø sentrum.
Prostneset
Prostneset har en sentral beliggenhet i Tromsø sentrum. Hurtigruta, hurtigbåter, cruiseskip og flere andre fartøy legger til kai her. Prostneset er for mange det første møtet med Tromsø by.
Breivika
Hovedtyngden av godsaktiviteter, funksjoner innenfor fiskeri og olje og gass ivaretas i Breivika.
Grøtsund
Grøtsund Industripark er under utvikling. Les mer under forretningsutvikling og Grøstund.