Tromsø Havn har organisert deler av eiendomsdriften i egne selskap.
Tromsø Havnelager AS
I Breivika havneterminal har Tromsø Havn KF forretningsføreransvaret for enkelte bygninger som er organisert som egne selskap med et felles morsselskap, Tromsø Havnelager AS.
Tromsø Havn KF eier 98 prosent i Tromsø Havnelager AS. Aksjeselskapet er hovedeier i de øvrige selskapene. Tromsø Havnelager AS har som formål å eie og forvalte fast eiendom i havneområdet. Disse havnelagrene har et samlet areal på 14 200 kvadratmeter.
Selskap som Tromsø Havnelager AS er hovedeier i:
| Selskap | Eierandel |
| Tromsø Havnelager AS | |
| Tromsø Havn KF | 98 % |
| ANS Engrossenter H1 | |
| Tromsø Havnelager AS | 99,24 % |
| Terminalgata AS | 0,76 % |
| KS Tromsø Havnelager AS & Co | |
| Tromsø Havnelager AS | 99,5 % |
| Terminalgata AS | 0,5 % |
| ANS Engrossenter AS | |
| Tromsø Havnelager AS | 83,084 % |
| Terminalgata AS | |
| Tromsø Havnelager AS | 100 % |
ANS Havnebygningen
Tromsø Havn KF har en eierandel på 50 prosent i ANS Havnebygningen. Hurtigruten ASA eier den resterende halvparten. Leietakere i bygget er Tromsø Havn KF og Hurtigruten ASA.