Tromsø Havn har offisielt eksistert i snart 200 år.
Tromsø fikk sine rettigheter som kjøpstad ved den kongelige anordning av 1794. I 1827 ble havnekommisjonen oppnevnt. Sjøen og sjøveien har til alle tider dannet livsgrunnlaget for bosettingen. Det har vært den viktigste ferdselsåren for folk og transportveien for varer.
Den historiske utviklingen av havna med handel, skipsfart og miljø er et levende og interessant kapittel i byens og landsdelens liv og har gitt livsbetingelser for byens utvikling.

På havna i Tromsø krydde det av ishavsskuter før krigen. Ishavsfangsten hadde en gang meget stor betydning for byen og distriktet. Verdien av fangsten de beste årene var omregnet til 2001 kroner ca. 8 milliarder. Et syn som for mange var et av årets høydepunkter en gang i tiden, var en fullastet ishavsskute på vei mot kai, prydet med det norske flagg i aktermasta og klar til å levere fangsten. Det varslet om inntekter og trygghet for hundrevis av familier rundt om i byen og fylket.
Ishavsfangsten, ishavskulturen og de menneskene som dro på lange fangsturer til Ishavet er i ferd med å bli borte. Årlig ruster to til tre skuter fra Tromsø ut for fangst. Det er kun rester igjen av lange og stolte ishavstradisjoner. I stedet for den aktive fangsten har Tromsø blitt internasjonalt ledende innenfor polarforskning.

Tromsø er et transport- og logistikknutepunkt mellom sjø, land og luft i arktiske områder. Tromsø Havn er utpekt som nasjonalhavn og er en av Norges største fiskerihavner målt i omsetningsverdi.